1. Ląstelių lizė ir baltymų denatūracija
Pradiniame plazmidės DNR ekstrahavimo etape ląsteles reikia lizuoti, kad jos viduje išsiskirtų DNR. Šis procesas paprastai pasiekiamas naudojant dideles druskų, ploviklių ar fermentų koncentracijas. Šiame procese pagrindinis Tris vaidmuo yra palaikyti stabilų tirpalo pH, taip apsaugant DNR nuo rūgštinės aplinkos, susidarančios lizės proceso metu. Be to, Tris taip pat gali padėti išskirti DNR nuo lizatų, jungdamasis prie baltymų ir juos denatūruodamas.
2. DNR tirpinimas ir stabilizavimas
Po ląstelių lizės plazmidinė DNR turi būti lizuojama ir atskirta nuo kitų ląstelių komponentų. Šis procesas paprastai pasiekiamas naudojant didelę druskos ar ploviklio koncentraciją. Šiame procese pagrindinis Tris vaidmuo yra užtikrinti tinkamą jonų stiprumo ir pH aplinką, kad būtų skatinamas DNR tirpimas ir stabilizavimas. Tris hidroksilo ir amino grupės gali sudaryti vandenilinius ir joninius ryšius su DNR molekulėmis, kurios stabilizuoja jo struktūrą ir neleidžia suskaidyti. Be to, Tris gali dar labiau apsaugoti DNR nuo skilimo, slopindamas nukleazių aktyvumą.
3. DNR valymas ir regeneravimas
Po to, kai plazmidinė DNR yra išskirta iš lizato, norint pašalinti likusius baltymus, RNR ir kitas priemaišas, dažnai reikia atlikti keletą gryninimo etapų. Šie etapai apima ekstrakciją fenoliu/chloroformu, nusodinimą etanoliu ir tt Šiame procese pagrindinis Tris vaidmuo yra palaikyti stabilų tirpalo pH, taip apsaugant DNR nuo rūgštinės ar šarminės aplinkos, kuri gali susidaryti gryninimo metu. Be to, Tris taip pat gali padėti atgauti gryną plazmidinę DNR iš tirpalo, prisijungdamas prie priemaišų ir leisdamas joms nusodinti.
